食品の安全性を確保するため、国民の健康保護を最優先に、科学的知見に基づいて客観的かつ中立公正に「リスク評価(食品健康影響評価)」および「リスクコミュニケーション」を行う内閣府の機関。BSE(牛海綿状脳症)の発生等の事態を受け、2003年(平成15)7月1日に食品安全基本法が施行され、これに基づいて同日に設置された。
食品安全委員会は「リスク管理機関」(厚生労働省、農林水産省、消費者庁、環境省など)から要請を受け、委員会内の専門調査会やワーキンググループでの審議を経てリスク評価をし、その報告書をリスク管理機関に通知、勧告する。これを踏まえてリスク管理機関は基準値や使用基準の設定、規制の管理などを行っている。このように食品の安全を守るしくみ(リスクアナリシス)はリスク管理、リスク評価を軸とし、リスクに関連する要因などについて、消費者や食品関連事業者など関係者の間で相互に情報共有や意見交換をするリスクコミュニケーションから成り立っている。
食品安全委員会はリスク管理機関とは独立したリスク評価機関であり、7名の委員から構成される。その下に16の専門調査会が設置され、農薬、食品添加物、微生物などの危害要因(ハザード)ごとに審議・調査が行われる。また、リスク管理機関からの要請とは別に自ら必要と判断した場合にもリスク評価を行うことができる。リスク評価を行った内容等に関してのリスクコミュニケーションを、意見交換会、食品安全委員会のホームページ、広報誌『食品安全』などを通じて行っており、消費者からの食品の安全に関する質問を電話と電子メールで受け付ける「食の安全ダイヤル」も設置している。
国際協調として海外のリスク評価機関との連携強化による情報・意見交換を行い、国民の健康にかかわる緊急事態においては速やかに科学的な情報を提供する。2023年(令和5)7月に設立20周年を迎え、新たな技術の開発、コンピュータによる統計的手法や評価手法の改良など、時代の動きを把握しつつ最新の科学に基づくリスク評価に取り組んでいる。